Las modificaciones del ARN decoran las moléculas de ARN, modificando sus propiedades fisicoquímicas. Los ARN ribosómicos (ARNr) presentan una gran cantidad de modificaciones, con más de 200 sitios modificados anotados en los ARNr humanos. En este trabajo, analizamos sistemáticamente los patrones de modificación del ARNr en el desarrollo, la diferenciación y la enfermedad, y descubrimos que son dinámicos y representan huellas epitranscriptómicas de sus células y tejidos de origen. Estas huellas pueden utilizarse para predecir el estado de la enfermedad, las etapas del desarrollo y los tipos celulares con tan solo 250 lecturas.