Modelos Moleculares
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 TIPOS PRINCIPALES DE MODELOS MOLECULARES
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Antes de indicar cómo seleccionar los distintos modos de representación molecular vamos a tratar brevemente sobre las características principales de los distintos tipos de modelos moleculares.

Las estructuras tridimensionales de las moléculas pueden visualizarse con Chime siguiendo el siguiente código de representación 3D basado en el programa RasMol: 
 

Alambre  (wireframe)

Se muestran los enlaces como líneas finas.

Varillas (sticks)

Se muestran sólo los enlaces. Este modelo es adecuado para ver la estructura de moléculas grandes.

Bolas y varillas (ball and stick)

No refleja ni el tamaño ni la forma real de la molécula, aunque permite distinguir claramente los diferentes átomos y enlaces. 

Espacial compacto o Esferas sólidas (spacefill)

Se representan todos los átomos como esferas sólidas con sus radios reales de van der Waals 
Muestra el tamaño y forma real de la molécula pero dificulta la percepción de la estructura.

Esqueleto (backbone)
Representa el esqueleto del polipéptido como una serie de enlaces que conectan los carbonos alfas adyacentes de cada aminoácido en una cadena. No se muestran las cadenas laterales. Interesante para ver el doblamiento global de polipéptido.
Cintas lisas (ribbons)
 Visualiza la proteína o ácido nucleico como una superficie de "cintas" densa y lisa que pasa a lo largo del eje de la molécula.
Cintas en filamentos (strands)
Visualiza la proteína o ácido nucléico con que trabajamos como una "cinta" lisa curvada "depth-cued" que pasa a lo largo del eje de la proteína. La cinta está compuesta de una serie de filamentos que corren paralelos entre sí a lo largo del plano peptídico de cada residuo.
Cintas sólidas (cartoons)
Extiende las representaciones de cintas para permitir mostrar la representación de Richardson
(MolScript). Actualmente se implementan como cintas delgadas.

Similar al modelo de cintas pero más gruesa y muestra la orientación de las cadenas. Muy útil para visualizar la estructura secundaría de las proteínas. 

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©Mª Belén Garrido Garrido 2002. Comentarios y feed-back